O início do Templo, remonta à época em que a família Nishioka ainda vivia no Japão na província de Yamaguchi, onde Tsunesuke Nishioka se converteu à religião Budista, sendo nomeado como monge "Jomyo", época em que começou a auxiliar espiritual e socialmente as pessoas da região onde residia. Vindo ao Brasil foi para a cidade de Pereira Barreto no interior do Estado de São Paulo, onde continuou com sua devoção religiosa auxiliando e "salvando" a vida de muitas pessoas, principalmente na época em que ocorreu a epidemia de malária.
Monge Jomyo então mudou-se para a cidade de Suzano com seu filho Sadao, sua nora Yoshiko e seus quatro netos. Com o falecimento do monge Jomyo, seu filho Sadao por volta de seus 30 e poucos anos recebeu um "DOM", um "milagre", no qual da noite para o dia passou a saber todas as rezas e fundamentos Budistas. Decidiu então seguir a orientação religiosa e continuar o trabalho de seu pai, construindo uma capelinha chamada de "Odaishidô" onde passou a auxiliar diariamente dezenas de pessoas, assim como seu pai fazia.
Buscando consolidar sua vocação ao budismo, Sadao Nishioka foi até o Japão onde foi nomeado monge pelo Templo "Koyasan Shinnoin" recebendo um novo nome: monge Teizan.
De volta ao Brasil, o monge Teizan e seus seguidores resolveram construir um templo em agradecimento aos Santos que os auxiliavam e também com o intuito de difundir a religião Budista Shingon e a cultura do povo japonês aqui no Brasil.
O mutirão para construção do Templo teve início nos anos 60. Sua inauguração oficial foi comemorada em 1966, mas a finalização de todas as suas estruturas demandou mais 9 anos de muito trabalho.
Os traçados arquitetônicos do Templo foram projetados e desenhados pelo já falecido Sr. Reijiro Nassu. A estrutura do Templo não faz uso de pregos, utilizando apenas encaixes com as madeiras.
Na construção da fundação foram utilizados aproximadamente 107 caminhões de pedras da Fazenda Mineração da cidade de Mogi das Cruzes. As madeiras utilizadas na estrutura foram trazidas de diversas regiões do interior e do litoral do estado de São Paulo.
Pode-se dizer que a formação do Templo, em todos os aspectos é semelhante aos dos templos do Japão, contando com as seguintes estruturas:
Em homenagem ao falecido Monge Jomyo - Tsunesuke Nishioka - o templo recebeu o nome de "Jomyoji", além do nome da ramificação budista de seus fundadores, tendo como nome oficial Templo Budista Nambei Shingonshu Daigozan Jomyoji.